Εγκατάσταση βιβλιοθηκών (netCDF, HDF, ...)

NetCDF
Υπάρχουν πολλές βιβλιοθήκες netCDF

• netCDF-3 classic format
• netCDF-4 classic format
• netCDF-4 enhanced format
• parallel netCDF

Εγκατάσταση PnetCDF 

Χρησιμοποίησα την έκδοση parallel-netcdf v.1.6.0

Βήμα 1: Ανάλογα με τον compiler που θέλουμε να χρησιμοποιήσουμε

INTEL
./configure CC=icc  FC=ifort CFLAGS=-O3 FFLAGS=-O3 CXXFLAGS=-O3 --prefix=<BASEDIR>/parallel-netcdf-1.6.0

AMD OPEN64 (Σημείωση: είναι διαθέσιμος στο GRID: ui.afroditi)

./configure CC=opencc CXX=openCC FC=openf90 CFLAGS=-O3 FFLAGS=-O3 CXXFLAGS=-O3 --prefix=<BASEDIR>/parallel-netcdf-1.6.0
-open64

Σημειωση: BASEDIR:  Οποιοσδήποτε βασικός φακελος (π.χ. /home/username)

Βήμα 2: make install


Εγκατάσταση NetCDF-3
Χρησιμοποίησα την έκδοση netCDF 3.6.3
Βήμα 1: Ανάλογα με τον compiler που θέλουμε να χρησιμοποιήσουμε
   ./configure CC=icc FC=ifort --prefix=<BASEDIR>/netcdf-3.6.3-intel --enable-separate-fortran

Βήμα 2: make install

Σημειώσεις

• BASEDIR:  Οποιοσδήποτε βασικός φακελος (π.χ. /home/username)
• Με τον τροπο αυτό δημιουργούνται μόνο static βιβλιοθήκες (libnetcdf.a  libnetcdf_c++.a  libnetcdf_c++.la  libnetcdff.a  libnetcdff.la  libnetcdf.la)
• Για να χρησιμοποιήθει η βιβλιοθήκη κατα το complile time του μοντέλου MESSY πρέρει ο linker να έχει το όρισμα -L<BASEDIR>/netcdf-3.6.3-intel/lib -lnetcdff -lnetcdf
•  Συνιστάται για το μοντέλο MESSy 2.5

 

Εγκατάσταση NetCDF-4

 CC & FC set according to compiler used

• CPPFLAGS=-DpgiFortran (both compilers)
• --prefix=/opt/graphics/new-netcdf/SuSE11/<compiler>/<bits>/v4
• --disable-cxx
• --enable-shared
• --enable-netcdf-4
• --with-hdf5=/opt/graphics/new-netcdf/SuSE11/<compiler>/<bits>
• --enable-ncgen4

Σημειώσεις

• BASEDIR:  Φακελος που περιέχει τον φάκελο της βιβλιοθήκης
• Για να χρησιμοποιήθει η βιβλιοθήκη πρέρει ο linker να έχει το όρισμα -L<BASEDIR>/netcdf-4-intel/lib -lnetcdff -lnetcdf -L${LIBDIR} -lhdf5_hl -lhdf5 -lz

 =================================

HDF

Εγκατάσταση HDF5

hdf5 libraries compilation:

• CC & FC set according to compiler used
• --prefix=/opt/graphics/new-netcdf/SuSE11/<compiler>/<bits>
  where compiler={studio12|pgi} bits={32|64}
• --enable-fortran
• --enable-linux-lfs
•  

 =================================